アニサキス症は、アニサキス幼虫を魚などと一緒に喫食することによって発症します。 アニサキス幼虫はサバ、アジ、サンマ、カツオ、イワシ、サケ、イカ、ヒラメなどの魚介類に寄生しています。日本では魚介類を生で喫食する食文化があり、これらの食材と一緒に、アニサキス幼虫を喫食してしまうのです。
但し、人間ドックの際に無症状の方からアニサキスが発見されることもあり、必ずアニサキス症を発症するわけではありません。おそらく過去に数回アニサキスに曝露されることでアレルギー反応が成立し、痛みが生じると考えられています。そのため、アニサキス症を発症する方は何度も発症を繰り返すことが多いです。

アニサキス幼虫は60℃で1分以上加熱、あるいは-20℃で24時間以上冷凍処理をすると、死滅します。生での喫食を避けなるべく加熱処理をする、もしくは冷凍処理された後の魚を調理して食べることが感染予防にはおすすめです。
しかし、アニサキスアレルギーの場合、アニサキスアレルギーの原因となる抗原には耐熱性があるため、加熱をしても抗原性は失われず、アレルギー症状を示す可能性があるという見解もあります。アレルギーのある方は、加熱をしてもアニサキスアレルギーの予防にはならないと考えられています。

もしも生で魚を食べたいという場合には、新鮮な魚を選ぶようにしましょう。また、魚を丸ごと１匹で購入した場合には、速やかに内臓を取り除いて破棄し、内臓から筋肉部分にアニサキス幼虫が移動することを防ぐこともポイントです。
調理をするときに使用する程度のワサビや醤油程度では、アニサキス幼虫は死滅しません。酢で魚を締める、塩漬けにするという方法も同様です。

また、アニサキス幼虫は肉眼でも確認できるため、もしも発見できれば食べる前にアニサキス幼虫を取り除くということも、感染予防につながります。

他にも、食事の際によく噛むことでアニサキスの侵入を防ぐことができるとも言われています。生の魚を食べる際には意識してみてもよいでしょう。